Azərbaycan SSR Xalq Komissarları Soveti və Xalq Səhiyyə Komissarlığının 10 dekabr 1940-cı il 2928 saylı Qərarına əsasən Bakıda Azərbaycan Respublikası Elmi-Tədqiqat Rentgen-Radiologiya İnstitutu (ETRRİ) təşkil edilmişdir.^{[mənbə göstərin]}

ETRRİ-nin Azərbaycanda rentgen-radiologiya xidmətinin inkişafında əsas rolu ilə yanaşı onkologiyanın Respublikada bir elm kimi fəaliyyətini faktiki olaraq reallaşdırmışdır. İnstitutda aparılan elmi tədqiqatların əsas istiqamətləri Respublikada bədxassəli şişlərin epidemiologiyası məsələlərinin öyrənilməsi və xərçəngin effektiv kombinə olunmuş və kompleks müalisə metodlarının işlənib hazırlanması olmuşdur.

1955-ci ildə İnstituta rəhbərlik Azərbaycanda tanınmış cərrah professor M.M.Əlikişibəyova həvalə edilmişdir. Onun təşəbbüsü ilə burada yeni elmi-kliniki və eksperimental bölmələr yaradılmışdır.

Kliniki və eksperimental onkologiya sahəsində mütəmadi aparılan elmi-tədqiqat işlərinin həddən ziyadə artması ilə əlaqədar 1963-cü ilin iyul ayında Azərbaycan SSR Səhiyyə Nazirliyinin əmri ilə ETRRİ adı dəyişdirilərək, Elmi-Tədqiqat rentgenologiya, radiologiya və onkologiya İnstitutu (ETRROİ) adlandırılmışdır. 1964-cü ildə İnstitutun bütün bölmələri yerləşdirilmiş yeni korpusların tikintisinin başa çatdırılması ilə əlaqədar İnstitutun keyfiyyətli kliniki fəaliyyəti və elmi tədqiqatların aparılması üçün müsbət şərait yaratmışdır.

İnstitutda yüksək ixtisaslı həkim, bioloq, mühəndislərdən ibarət kollektivin artmaqda olan fəaliyyəti ona Azərbaycanda aparıcı elmi-tədqiqat idarələrindən birinə çevrilmək imkanı verdi. İnstitutun kliniki və eksperimental bazası əhəmiyyətli dərəcədə möhkəmləşdi və zənginləşdi.

60-cı illərin ikinci yarısından başlayaraq, Moskva, Leninqrad, Kiyev və digər onkoloji institutlarla birlikdə elmi işlərin aparılmasına başlanıldı.

1974-cü ildən İnstituta rəhbərlik tanınmış rentgenoloq – Azərbaycan EA-nın həqiqi üzvü R.N.Rəhimova tapşırıldı. Bu dövr İnstitutda bədxassəli şişlərin diaqnostikası və müalicəsinin keyfiyyətinin yüksəlməsinə səbəb olan bir sıra təşkilatı struktur dəyişikliklərinin aparılması ilə xarakterizə olunur. Bir neçə il ərzində İnstitutun kliniki bazası 2 dəfədən çox artmışdır. 1980-cı ildə İnstitutun klinikasının çarpayılarının sayı 300 çatdırılmışdır. İnstitutda bədxassəli şişlərin diaqnostikası və müalicəsinin bütün müasir metodları istifadə olunur. Həmin metodların rayonlararası onkoloji dispanserlərdə tətbiq olunması işinə ciddi yanaşılır.

Elmi və praktiki onkologiyanın koordinasiyasında İnstitutun daim artmaqda olan rolunu nəzərə alıb, Azərbaycan Respublikası Səhiyyə Nazirliyi ona xərçəngin öyrənilməsi sahəsində aparıcı elmi-tədqiqat idarəsinin funksiyasını həvalə etdi və ona görə 1988-ci ilin febral ayında İnstitut Respublika Onkoloji Elmi Mərkəz (ROEM) adını almışdır.

1990-cı ilin mart ayından bu günədək Mərkəzə direktor vəzifəsinə RF TEA-nın akademiki C.Ə.Əliyev təyin edilmişdir.

Respublika çərçivəsində süd vəzisi və ağciyər xərçənginin erkən diaqnostikası üzrə skrininq proqramları işlənib hazırlanır və həyata keçirilmişdir. Bu Respublikada qeyd edilən xəstəliklərin gecikmiş halda müraciətlərini həddən ziyadə azaltmışdır. Eləcə də süd vəzisi xərçəngi ilə xəstələrdə orqanqoruyucu operasiyalar daxil olmaqla kompleks müalicə və reabilitasiya metodları işlənib hazırlanmışdır. Yeni şişəleyhinə preparatların yaradılması sahəsində perspektivli tədqiqatlar başlamışdır. Bu məqsədlə vivariy tikilmiş və xərçəngin dərmanla müalicə metodlarının işlənib hazırlanması ilə məşğul olan yeni elmi-kliniki bölmə yaradılmışdır.

80-ci illərin sonu – 90-cı illərin əvvəlləri Mərkəzin nüfuzunun beynəlxalq elm aləmində sürətlə artmasına təsadüf edir və həm keçmiş SSRİ dövlətləri ilə, həm də Avropa və Şimali Amerika ilə elmi əlaqələrin genişlənməsinə gətirib çıxarır.

1995-ci ilin oktyabr ayında ROEM Azərbaycan Respublikası Səhiyyə Nazirliyi Milli onkologiya mərkəzi adını aldı.

Ötən illər ərzində Mərkəzin əməkdaşları tərəfindən Respublikanın onkoloji xidmətinin strukturunun təşkili, bədxassəli şişlərin erkən diaqnostikası və xərçəngin dərmanla müalicəsinin işlənib hazırlanması və təkmilləşməsi sahəsində böyük elmi araşdırmalar aparılmışdır. Bir sıra lokalizasiyalı şişlərin orqanqoruyucu operasiyalar daxil olmaqla yeni reabilitasiya və müalicə metodlarının işlənib hazırlanması sahəsində böyük nailiyyətlər əldə olunmuşdur.

Böyük elmi potensialı və müasir maddi-texniki bazası Milli onkologiya mərkəzinə təkcə onkologiya sahəsində deyil, onunla həmmərz olan elmlərlə də çoxsahəli elmi-tədqiqat problemlərin öyrənilməsinə təminat verir. MOM Respublika əhalisinə göstərilən ixtisaslaşmış onkoloji yardım üzrə aparılan elmi-metodik və profilaktik işlərin koordinasiyası ilə məşğul olan əsas mərkəz funksiyasını daşıyır. Buraya professor A.T.Abbasov ad. Bakı onkoloji dispanserindən, 7 rayonlararası onkoloji dispanserlərindən (Nazçıvan, Xankəndi, Sumqayıt, Şəki, Mingəçevir, Şirvan, Lənkəran) və 100-ə qədər onkoloji kabinetlərdən onkoloji xəstəliklərlə xəstələnmiş insanların diaqnostikası və müalicəsi haqqında məlumat verilir.

MOM-nun əməkdaşları tərəfindən hər il əhaliyə onkoloji xidmətin təkmilləşdirilməsinə dair səyyari sessiyalar keçirilir.

MOM-da Respublikanın kliniki və eksperimental onkologiya, şüa diaqnostikası və şüa terapiyası ixtisasları üzrə aparıcı mütəxəssislərinin böyük əksəriyyəti cəmləşmişdir. Burada 3 akademik, 5 professor və 2 əməkdar elm xadimi olan 10 tibb elmləri doktoru və 50-dən çox tibb və biologiya elmləri namizədləri çalışır.

70 il ərzində MOM-da "Rentgenologiya, radiologiya və onkologiyanın aktual məsələləri" (1991 ilədək) və "Onkologiya və tibbi radiologiyanın problemləri" (1994 ilədək) adlı 20 cild elmi işlər toplusu, 10-dan artıq monotematik elmi məqalələr toplusu və elmi konfransların materialları dərc edilmişdir. 1995-ci ildən Mərkəzdə təkcə Respublikada deyil, həm də Rusiya və bir sıra MDB ölkələrində artıq tanınmış və yayılan "Azərbaycan onkologiya və hematologiya jurnalı" təsis edilib və mütəmadi olaraq çap olunur.

Mərkəzin bazasında aspirantura fəaliyyət göstərir.

Mərkəzdə 1993-cü ildən "onkologiya" və "şüa diaqnostikası, şüa terapiyası" ixtisasları və onlarla həmmərz olan ixtisaslarda namizədlik dissertasiyalarının müdafiəsi üzrə Dissertasiya şurası fəaliyyət göstərir.

Mərkəzdə klinik ordinatura vasitəsi ilə Respublikanın praktik səhiyyəsi üçün daim ixtisaslaşmış kadrlar hazırlığı keçirilir. Onkologiya, şüa diaqnostikası və şüa terapiyası sahələrində çalışmağa qərara almış həkimlər burada internatura kursları keçirlər.

MOM azərbaycan mütəxəssislərinin əksəriyyəti hazırlıq keçmiş və hazırda da keçən Rusiya TEA-nın N.N.Bloxin ad. Onkoloji Elmi Mərkəzi ilə sıx əlaqələrini davam etdirir. MOM Qafqaz ölkələri, Ukrayna, Özbəkistan və digər MDB ölkələrinin onkoloqları ilə ənənəvi elmi əlaqələrini saxlayır. MOM-nun mütəxəssisləri Türkiyə, İngiltərə, Almaniya, İsveçrə, ABŞ və bir sıra başqa dövlətlərdən olan əməkdaşları ilə bərabər müştərək elmi işlər aparırlar. Ümumdünya Səhiyyə Təşkilatı (ÜST) və xərçəng problemi ilə məşğul olan digər beynəlxalq təşkilatlarla Mərkəz arasında sıx əlaqə yaradılmışdır.

Mərkəzin ərazisində cərrahi bölmələr üçün nəzərdə tutulmuş yeni, müasir bir bina tikilib. Bu korpus ən müasir tibbi avadanlıqla təchiz olunub.

Yeni radioloji korpusun tikintisi də başa çatdırılıb.

Hal-hazırda uşaq onkologiyası şöbəsi üçün nəzərdə tutulan binanın tikintisi üzrə işlər başa çatdırılır.

Bu gün Milli onkologiya mərkəzi Azərbaycanda 650 çarpayılıq klinik bazası olan, bədxassəli şişlərin etiopatogenezi, diaqnostikası, müalicəsi və profilaktikasına dair məsələlərin öyrənilməsi ilə məşğul olan böyük aparıcı ixtisaslaşmış elmi-tədqiqat müəssisədir.